Jaap ten Oever heeft interesse in thuis opgelopen- en ziekenhuisinfecties en antimicrobial stewardship, waarin hij uitgebreide praktische ervaring heeft, betrokken is bij onderzoek en beleidsvorming. Een andere interessegebeid is immuundysregulatie. Hij werd opgeleid tot specialist infectieziekten in het Radboudumc en promoveerde in 2014 met zijn proefschrift "Footprints of infections: novel diagnostic strategies in infectious diseases". Naast zijn lidmaatschap van het A-team van het Radboudumc, neemt hij deel aan het AMR zorgnetwerk GAIN, is hij voorzitter van de SWAB-werkgroep antimicrobial stewardship en is hij lid van de deelnemersraad van de SWAB. Hij is sinds 2024 de voorzitter van de Nederlandse Vereniging van Internist-Infectiologen. Hij richt zich met zijn onderzoek onder andere op S. aureus bacteriëmie waarbij hij een actieve rol speelt binnen de wereldwijde SNAP trial.